LSM is gestructureerd volgens de principes van een private rechtspersoon maar met aandacht voor verantwoording over haar publieke middelen.

De structuren van LSM bestaan uit een Raad van Bestuur, een directiecomité, een intern auditcomité, een commissaris-revisor en een projectenloket.

In de samenwerkingsovereenkomst afgesloten tussen LSM en de provincie op 19 maart 2014 wordt nader bepaald op welke wijze LSM en de provincie samenwerken en onder welke voorwaarden LSM haar opdracht en taken vervult.